Микробиоценоз кишечника в норме и патологии

В кишечнике взрослого человека насчитывается около 10¹⁴ различных микроорганизмов (бактерии, грибы, вирусы, простейшие). По данным современных молекулярных методов исследования (высокопроизводительное секвенирование, масс-спектрометрия) в формировании разнообразия микробного состава участвуют до 600 родов бактерий.

В норме микробиота толстого кишечника выполняет ряд важных функций:

• расщепление углеводов и производство короткоцепочечных жирных кислот (КЖК),
• синтез витаминов (витамин K, витамин B12, фолиевая кислота),
• синтез аминокислот,
• участие в регулировании жирового и углеводного обмена (синтез желчных кислот, поддержание нормального уровня резистентности к глюкозе),
• регуляция локального и системного иммунного ответа.  

На состояние микробиоты толстого кишечника могут оказывать влияние: наличие патологии, рацион питания, прием антибиотиков, пробиотических и пребиотических препаратов, влияние факторов окружающей среды, стресс, особенности образа жизни и т.д. Поскольку около 70 % всех населяющих кишечник бактерий являются сложно-культивируемыми или не культивируемыми, обнаружение их бактериологическими методами не всегда возможно. Молекулярные методы (в частности, метод ПЦР) позволяют решить эту задачу, а также:  

• позволяют существенно ускорить диагностику острых и хронических заболеваний толстого кишечника,
• облегчают выявление некоторых патологических состояний толстого кишечника на ранних стадиях, с целью их профилактики.  

Наиболее значимыми для здоровья человека изменениями микробиоценоза кишечника являются изменения, возникающие при:

• острых инфекциях;
• хронических заболеваниях и состояниях, таких как: воспалительные заболевания кишечника, или ВЗК (болезнь Крона, неспецифический язвенный колит), синдром раздраженного кишечника (СРК), метаболические нарушения (ожирение, диабет 2-ого типа).

В отдельных случаях изменения состава кишечной микробиоты могут сигнализировать о повышенном риске развития колоректального рака (к таким изменениям относится, в частности, присутствие в фекальных образцах Fusobacterium nucleatum и Parvimonas micra в высоких титрах).

Более подробное описание тест-системы, а также расшифровку результатов исследований можно найти по ссылке: Брошюра "Колонофлор"

Список статей и публикаций:
(для исследований использовался набор реагентов «Колонофлор»)

1. С.Ф. Багненко, А.А. Захаренко, А.Н. Суворов, И.В. Шлык, О.А. Тен, Ш.Р.Джамилов, М.А. Беляев, А.А. Трушин, А.С. Натха, Д.А. Зайцев, К.Н. Вовин, В.А. Рыбальченко, Д.О. Акуличев «Периоперационные изменения микрофлоры толстой кишки у больных колоректальным раком.» Биомедицинский журнал Medline.ru, Том 16, онкология, 2015, с. 1302-1316
2. И. Н. Абдурасулова, Е. А. Тарасова, Е. И. Ермоленко, А. В. Елисеев, А. В. Мацулевич, Г. Н. Бисага, Д. И. Скулябин, А. Н. Суворов, В. М. Клименко «При рассеянном склерозе изменяется качественный и количественный состав микробиоты кишечника» Медицинский академический журнал, 2015 г., том 15, № 3, с.55-68
3. Аверина О.В., Ермоленко Е.И., Ратушный А.Ю., Тарасова Е.А., Борщев Ю.Ю., Леонтьева Г.Ф., Крамская Т.А., Котылева М.П., Даниленко В.Н., Суворов А.Н. «Влияние пробиотиков на продукцию цитoкинов в системах in vitro и in vivo» Медицинская иммунология. 2015;17(5):443-454.
4. Ермоленко Е. И., Свиридо Д. А., Котылева М. П., Карасева А. Б., Ермоленко К. Д., Соловьева О. И. , Симаненков В. И., Суворов А.Н. «Коррекция дисбиоза кишечника крыс индигенными рекомбинантными штаммами энтерококков и длительность их персистирования в составе кишечного микробиоценоза», Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология, выпуск 136, № 12 2016, с. 65-69
5. Ермоленко Е.И., Котылева М.П., Буй Тхи Лан Ань, Чан Тхи Ньай, Буй Тхи Тхань Нга, Краева Л.А., Гончаров А.Е., Карасева А.Б., Киреева А.Г., Тан Нам, Суворов А.Н.
«Исследование микробиоты кишечника жителей Вьетнама и России» Наука и технологии в тропиках. 2016. 9(9), с. 1979-1990
6. Е.И. Ермоленко, Н.П. Ерофеев Л.Б. Захарова, Е.Н. Парийская, М.П. Котылева «Влияние индигенных энтерококков на микробиоту. Особенности двигательной функции толстой кишки при экспериментальном дисбиозе.» Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Здоровье – основа человеческого потенциала: проблемы и пути их решения». Том 11, часть 2, 2016 г, с. 769-781. (РИНЦ)
7. Домбровская Д.А. «Факторы риска заражения Blastocystis spp» ФГБОУ ВО «Северо-западный ГМУ им. И.М. Мечникова» МЗ РФ, материалы диссертации, 2016г.
8. Ермоленко Е.И., Абдурасулова И.Н., Котылева М.П., Свиридо Д.А., Мацулевич А.В., Карасева А.Б., Тарасова Е.А, Сизов В.В., Суворов А.Н. «Влияние индигенных энтерококков на микробиоту кишечника и поведение крыс при коррекции экспериментального дисбиоза». Российский физиологический журнал им. И.М. Сеченова, т. 103, №1, 2017г. с. 22-37
9. О.В. Голощапов, М.А. Кучер, М.А. Суворова, Р.В. Клементьева, А.А. Щербаков, А.Н. Швецов, И.С. Моисеев, А.Б. Чухловин, Б.В. Афанасьев
«Первый опыт терапии полирезистентных инфекционных осложнений, ассоциированных с Clostridium difficile и Klebsiella pneumoniae, методом трансплантации фекальной микробиоты у пациентов после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток». Инфекционные болезни, 2017, т. 15, №3, с. 65–74
10. Ситкин С. И., Вахитов Т. Я., Ткаченко Е. И., Орешко Л. С., Жигалова Т. Н., Радченко В. Г., Селиверстов П. В., Авалуева Е. Б., Суворова М. А., Комличенко Э.В. «Микробиота кишечника при язвенном колите и целиакии». Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология, выпуск 137, № 1 2017, с. 8-30
11. Ермоленко К.Д., Гончар Н.В., Лобзин Ю.В., Григорьев С.Г. «Предикторы формирования функциональных расстройств желудочно-кишечного тракта после норовирусной инфекции у детей»
Журнал инфектологии. 2017; 9(2):42-47.
12. Abdurasulova, I.N., Ermolenko, E.I., Matsulevich, A.V. et al. «Effects of Probiotic Enterococci and Glatiramer Acetate on the Severity of Experimental Allergic Encephalomyelitis in Rats.» Neurosci Behav Physi 47, 866–876 (2017).
13. Селиверстов П. В., Ситкин С. И., 2, Радченко В. Г., Лазебник Л. Б.3, Авалуева Е. Б., Вахитов Т. Я., Демьянова Е. В., Скворцова Т. Э., Приходько Е. М., Суворова М. А. «SACCHAROMYCES BOULARDII модулируют состав микробиоты кишечника у пациентов с неалкогольной жировой болезнью печени, препятствуя прогрессированию заболевания». Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология 2018, 150(2): 4–18
14. Ситкин С.И., Вахитов Т.Я., Демьянова Е.В. «Микробиом, дисбиоз толстой кишки и воспалительные заболевания кишечника: когда функция важнее таксономии». Альманах клинической медицины: 2018; 46(5):396-425.
15. Ермоленко Е.И., Гончар Н.В. «Анаэробный дисбаланс микробиоты кишечника у детей разного возраста с вирусной диареей». Гастроэнтерология Санкт-Петербурга, 2018, №2, с. 64-64b
16. О.В. Голощапов, М.А. Кучер, И.С. Моисеев, А.Н. Швецов, Р.В. Клементьева, А.А. Щербаков, М.А. Суворова, О.В. Станевич, Е.А. Бакин, Л.С. Зубаровская, Б.В. Афанасьев.
«Эффективность транплантации фекальной микробиоты у пациентов после аллогенной транплантации гемопоэтических стволовых клеток» V Международная конференция Постгеном», 2018г., УДК 616-035.1:628.427.3:616.155.392+615.324
17. Maxim Kucher, Oleg Goloshchapov, Maria Suvorova, Ruslana Klementeva, Aleksandr Shcherbakov, Alexandr Shvetcov, lya Kazantsev, Ivan Moiseev, Ludmila Zubarovskaya and Boris Afanasyev. «Fecal Microbiota Transplantation as a Novel Method of Multidrug-Resistant Infections Treatment in Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation Recipients» Transplantation Research Journal, 18 Jan, 2018, Volume 3 - Issue 1, 1-3
18. Маркова Ю.М., Полянина А.С., Минаева Л.П., Шевелева С.А. «Апробация нового способа подготовки образцов для детекции популяций кишечной микробиоты методом полимеразной цепной реакции»
Материалы XVII Всероссийского конгресса диетологов и нутрициологов с международным участием «Фундаментальные и прикладные аспекты нутрициологии и диетологии. Лечебное, профилактическое и спортивное питание». 2018г., том 87, № 5, с. 34-35
29. Маркова Ю.М., Полянина А.С., Стеценко В.В. «Изучение микробиоты кишечника у здоровых людей методом ПЦР» Основы здорового питания и пути профилактики алиментарно-зависимых заболеваний, сборник материалов II школы молодых ученых, 2019, с. 61-63
20. Лысиков Ю.А. «Норма потребления и физиологическая потребность». Материалы XVII Всероссийского конгресса диетологов и нутрициологов с международным участием «Фундаментальные и прикладные аспекты нутрициологии и диетологии. Лечебное, профилактическое и спортивное питание» 2018, том 87, №5, 2018, c. 33-34
21. И.Н. Абдурасулова, Е.А. Тарасова, И.В. Кудрявцев, И.Г. Негореева, А.Г. Ильвес, М.К. Серебрякова, Е.И. Ермоленко, Е.В. Ивашкова, А.В. Мацулевич, А.Е. Татаринов, И.Д. Столяров, В.М. Клименко, А.Н. Суворов. «Состав микробиоты кишечника и популяций циркулирующих Th-клеток у пациентов с рассеянным склерозом». Инфекция и иммунитет 2019, Т. 9, № 3–4, с. 504–522. 22. E. Ermolenko, E. Tarasova, M. Kotyleva, Y. Borschev, A. Suvorov. Basic Science: Animal models including experimental treatment Influence of different probiotics on the intestinal microbiota of rats with experimental Clostridium difficile infection. ECCMID 2014.
23. Клементьева Р.В., Щербаков А.А., Швецов А.Н., Кучер М.А., Голощапов О.В. «Современные методы ДНК-Диагностики микрофлоры и ее значение в клинике». Сборник материалов VI Международной конференции, посвященной Дню ДНК-2019. ФГБОУ ВО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И.П. Павлова». 2019, с.26-27
24. О. В. Голощапов, Д. В. Чуракина, М. А. Кучер, Р. В. Клементьева, С. В. Сидоренко, В. В. Гостев, В. Е. Карев, М. А. Суворова, И. В. Шлык, А. Б. Чухловин, Л. С. Зубаровская, Б. В. Афанасьев.
«Трансплантация фекальной микробиоты при критическом состоянии пациентов в онкогематологической практике». Вестник анестезиологии и реаниматологии.» 2019. – Т. 16, № 3. – С. 63-73.
25. O.V. Goloshchapov , E.I. Olekhnovich , S.V. Sidorenko , I.S. Moiseev, M.A. Ucher, D.E. Fedorov , A.V. Pavlenko , A.I. Manolov, V.V. Gostev , V.A. Veselovsky , K.M. Klimina , E.S. Kostryukova , E.A. Bakin , A.N. Shvetcov , E.D. Gumbatova R.V. Klementeva , A.A Shcherbakov , M.V Gorchakova , J.J. Egozcue , V.Pawlowsky-Glahn , M.A. Suvorova , A.B. Chukhlovin , V.M Govorun , E.N Ilina, B.V. Afanasyev «Long-term impact of fecal transplantation in healthy volunteers» BMC Microbiol. 2019 Dec 30;19(1):312. doi: 10.1186/s12866-019-1689-y
26. Селиверстов П.В., Скворцова Т.Э., Ситкин С.И., Радченко В.Г. «Возможности терапевтического лечения больных желчнокаменной болезнью». Медицинский совет, №14, 2019, с.44-51
27. Саулевич А.В. «Клинико-экспериментальное обоснование коррекции дисбиоза кишечника у больных вирусными циррозами печени». Материалы диссертации: ФГБВ ОУ ВО «Военно-медицинская академия им. С.М. Кирова МО РФ», 2019
28. Тарасова Е.А., Баимова Р.Р., Абдурасулова И.Н., Кудрявцев И.В., Суворова М.А. «Akkermansia muciniphila –«новый» представитнль микробиоты кишечника: распространенность и диагностическая значимость». Материалы научно-практической конференции в рамках V российского конгресса лабораторной медицины (РКЛМ 2019), с. 251-252.
39. Абдурасулова И.Н., Мацулевич А.В., Тарасова Е.А., Кудрявцев И.В., Никифорова И.Г., Серебрякова М.К., Мирошниченко М.И., Ивашкова Е.В., Татаринов А.Е., Ильвес А.Г., Ермоленко Е.И., Бисага Г.Н., Столяров И.Д., Клименко В.М. «Изменения микробиома кишечника при рассеянном склерозе связаны с иммунными психоэмоциональными нарушениями»
Медицинский академический журнал, т.19, № S, с.51-54, 2019
30. Белобородова Н.В., Черневская Е.А. «Перспективы микробиота-ориентированной терапии в нейрореабилитологии». Физическая и реабилитационная медицина, медицинская реабилитация, Том 2, № 1 (2020)
31. Волкова Н.И., Набока Ю.Л., Ганенко Л.А., Оксенюк О.С. «Особенность микробиоты толстой кишки у пациентов с разными фенотипами ожирения (пилотное исследование)». Медицинский вестник Юга России. 2020;11(2):38-45.
32. Скворцов, Е.В., Мухаммадиев Р.С., Валлиулин, Л.Р., Валлиулина Д.А. «Получение эмульгированного пробиотического препарата Bacillus subtilis и его воздействие на микрофлору кишечника лабораторных крыс». Журнал: ученые записки Казанской государственной академии ветеринарной медицины им. Н.Э. Баумана. Том 241, №1, 2020, с.187-192
33. Симаненков В.И., Суворов А.Н., Тихонов C.В., и др. «Микробиота желчного пузыря у пациентов с желчнокаменной болезнью». Вестник Северо-Западного государственного медицинского университета им. И.И. Мечникова, 2020, т.12., №1, с. 37-44
34. Borschev Y.Y., Burovenko I.Y., Karaseva A.B., Minasyan S.M., Borschev V.Y., Semenova N.Y., Borshcheva O.V., Polovinkin V.V., Rodionov G.G., Suvorov A.N., Galagudza M.M.
«Modeling of systemic inflammatory response syndrome by chemical induction of colon injury in rats. ». Medical Immunology (Russia). 2020;22(1):87-98.
35. Голощапов О.В., Чухловин А.Б., Бакин Е.А., Станевич О.В., Клементьева Р.В., Щербаков А.А., Швецов А.Н., Суворова М.А., Бондаренко С.Н., Кучер М.А., Кулагин А.Д., Зубаровская Л.С., Моисеев И.С.
«Трансплантация фекальной микробиоты при реакции «трансплантат против хозяина» у детей и взрослых: методы, клинические эффекты, безопасность» Терапевтический архив. - 2020. - Т. 92. - №7. - C. 43-54.
36. Черневская Е.А., Меглей А.Ю., Буякова И.В., Ковалева Н.Ю., Горшков К.М., Захарченко В.Е. и др. «Таксономический дисбиоз микробиоты и сывороточные биомаркеры как отражение тяжести поражения центральной нервной системы.». Вестник РГМУ. 2020; (5): –. DOI: 10.24075/vrgmu.2020.05
37. Котрова А.Д, Котылева М.П., Сарайкина Д.А. Влияние микробиоты кишечника на биохимические показатели у больных с метаболическим синдромом.Материалы научной конференции. Фундаментальная наука и клиническая медицина- человек и его здоровье. Санкт-Петербург, 26 сентября 2020 г.
38. Кулешова А.В., Киселева Е.Е., Чеботкевич В.Н. Микробиом кишечника и его роль в развитии инфекций кровеносного русла у больных гемобластозами. Журнал Гастроэнтерология Санкт-Петербурга, № 1-2, 2020г.
39. А.Л. Сепп, А.В. Яшин, В.Д. Раднатаров Применение пробиотического штамма Enterococcus faecium L 3 при гастроэнтерите у поросят. Ветеринария и зоотехния № 3 (60), 2020 г., cтр.: 74-80
40. Жданов К.В., Саулевич А.В., Козлов К.В., Захаренко С.М., Сукачев В.С., Карев В.Е., Захаркив Ю.Ф., Потехин И.В., Мухтаров Р.М., Касьяненко К.В., Карякин С.С., Черненок М.Г.
Применение бициклола в терапии тяжелого фиброза печени: экспериментальное обоснование. Журнал инфектологии.2020;12(5):93100.
41. Ермоленко К.Д., Гончар Н.В., Лобзин Ю.В. Механизмы формирования постинфекционной г патологии у детей - реконвалесцентов ротавирусной инфекции. Журнал инфектологии. 2020;12(5):56-61.
42. G. D. Fadieienko,A. Y. Gridnyev, I. E. Kushnir, O. G. Kurinna, V. M. Chernova, T. A. Solomentseva, Ya. V. Nikiforova, V. Yu. Galchinska, T. M. Bondar Характеристика кишечного дисбиоза у больных неалкогольной жировой болезнью печени Украинский научно-практический специализированный журнал «Современная гастроэнтерология», № 6 (2020), 2020-1505
43. Кравченко И.А., Баймурадова Э.А., Полунин В.С. Проблемы организации профилактической работы в амбулаторных условиях с детьми дошкольного возраста. Журнал « Кардиоваскулярная терапия и профилактика» Том 20, № S1, 2021, стр. 46
44. Кравченко В.Г., Костенко Е.В., Горшков Д.В. Медико-социальные особенности когнитивных нарушений у пациентов, перенесших транзиторную ишемическую атаку. Журнал « Кардиоваскулярная терапия и профилактика», том 20, № S1, 2021, стр. 45
45.Мухаммадиева А.С, Мухаммадиев Риш.С., Усольцев К.В., Мухаммадиев Рин. С., Скворцов Е.В., Валлиулин Л.Р. Микрофлора кишечника крыс при экспериментальном антибиотикоассоциированном дисбиозе и возможность ее коррекции препаратом на основе молочнокислых и пропионовокислых микроорганизмов. Ученые записки Казанской государственнойь Академии ветеринарной медицины им. Н.Э Баумана, том: 246, номер: 2, год: 2021, стр.: 141-145
46. Леонтьева Н.И., Щербаков И.Т., Грачева Н.М., Соловьева А.И., Лиханская Е.И. Влияние препарата «Хилак Форте» на восстановление слизистой оболочки толстой у больных с пищевой токсикоинфекцией и сопутствующимдисбиозом кишечника. Журнал Гастроэнтнрология Санкт-Петербурга Номер: 1-2 Год: 2021 Страницы: 24
47. А. Д. Котрова, А. Н. Шишкин, Л. С. Воропаева, Н. С. Лавренова, Л. А. Слепых, М. В. Лукашенко, Е. И. Ермоленко Гендерная оценка микробиома кишечника у больных с ожирением. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология: № 10 (2021): 91-99.
48. Скворцов Е. В., Усольцев К. В., Мухаммадиев Риш. С., Мусин Р. Р., Быкова П.Р. Линкомецин – ассоциированный дисбиоз кишечника крыс. Журнал – Ветеринарный врач, 2021, Казань
49. Потапова С.Н., Сагдеев Д.Р., Кадиков И.Р., Корчемкин А.А., Вафин И.Ф. Гомеостаз кроликов при сочетанном металлотоксикозе. Журнал – Ветеринарный врач, 2021, Казань
50. Жданов К. В., Саулевич, А. В., Козлов, К. В., Захаренко, С. М., Сукачев, В. С., Мухтаров, Р. М., Касьяненко, К. В. Индукция фиброза печени у лабораторных крыс WISTAR.
Известия Российской Военно-медицинской академии, 2021, 40(S1), 26-29.
51. Коваль С.М., Снигурская И.О., Юшко К.О., Мисниченко О.В., Гальчинская В.Ю.
Особенности состава микробиоты кишечника у больных артериальной гипертензией с абдоминальным ожирением. Журнал Патология, ГУ «Национальный институт терапии имени Л. Т. Малой НАМН Украины», г. Харьков, Ukraine, том 18 № 3 (2021)
52. Минина С., Корниенко Е., Суспицын Е., Имянитов Е. Анализ частых мутаций и варианты течения хронического панкреатита у. Гастроэнтерология Санкт-Петербурга. Учредители: ООО" Гастро", Ситкин Станислав Игоревич, 24-25.
53. Карасёва, А. Б., Буровенко, И. Ю., Цапиева, А. Н., Борщев, Ю. Ю., Суворов, А. Н., & Галагудза, М. М. (2022). Изменения состава кишечной микробиоты при моделировании системного воспалительного ответа у крыс разного возраста. Университетский терапевтический вестник, 4(2), 42-51.
54. Ермоленко, К. Д., Гончар, Н. В., & Ермоленко, Е. И. (2022). Персонифицированная симбионтная терапия детей с затяжным течением кампилобактериоза. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология, (1), 31-3